قوچانی فعالیت رسانهای خود را با نشریههای چون “عصرما”، ارگان سازمانی و مطبوعاتی سازمان مجاهدین انقلاب آغاز و سپس با روزنامههای چون عصرآزادگان، جامعه، نشاط، خرداد و اخبار اقتصاد همکاری کرد و در نهایت اینکه مسئولیت سردبیری همشهری ماه به او سپرده شد.
بر اساس گزارش شفاف، روزنامههایی که با سردبیری محمد قوچانی به محاق توقیف رفته به شرح ذیل است:
توقیف همشهری ماه
محمد قوچانی در اولین تجربه سردبیری، سردبیر همشهری ماه شد. این ماهنامه به اتهام تخلف از قانون مطبوعات و انتشار بدون مجوز و غیرقانونی توقیف شد؛ روابط عمومی دادگستری کل استان تهران روز دوشنبه(۶ اسفند ۱۳۸۰) طی اطلاعیهای اعلام کرد: به دنبال انتشار بدون مجوز و غیرقانونی نشریهای با عنوان “همشهری ماه” به طور مرتب و منظم از سوی روزنامهی همشهری و شکایت مدعیالعموم نسبت به این عمل غیرقانونی، آقای مرتضی الویری مدیرمسوول روزنامهی همشهری در تاریخ ۱۳۸۰/۱۱/۹ در شعبهی ۱۴۱۰ حاضر و اعلام داشت: با توجه به اینکه در صدد هستیم مجوزی مستقل برای نشریهی همشهری ماه از هیات نظارت بر مطبوعات اخذ نماییم و این موضوع در هیات نظارت نیز مطرح گردیده لذا تا زمان تعیین تکلیف قانونی متعهد و ملزم میباشم که از ادامهی چاپ مجلهی همشهری ماه که به ضمیمهی روزنامهی همشهری به صورت رایگان توزیع میگردد جلوگیری نمایم.
توقیفهای شرق
در دوره مسئولیت محمد قوچانی در روزنامه شرق، انتشار این روزنامه دو مرتبه متوقف شد که اولین حکم توقیف را پس از انتشار شمارهی ۱۴۱ خود، بهدلیل پوشش دادن خبر مربوط به نامهی اعتراضی نمایندگان مجلس ششم در ۲۹ بهمن ۱۳۸۲ از سوی شعبهی ۶ دادسرای ویژهی کارکنان دولت دریافت کرد. اما این توقیف بهدلیل نامهی عذرخواهی مدیرمسئول روزنامهی شرق که به سعید مرتضوی -دادستان وقت تهران- نوشت، زمان زیادی طول نکشید؛ بعد از گذشت شش ماه، این روزنامه بار دیگر به دلیل انتشار کاریکاتوری توهین آمیز در صفحهی پایانی شمارهی ۸۵۳ خود توقیف شد.
روزنامه هممیهن
روزنامه هم میهن به مدیر مسئولی غلامحسین کرباسچی که در افکار عمومی به عنوان تریبون حزب کارگزاران مطرح بود فعالیت خود را در دوران دوم خرداد آغاز کرد. بعد از توقیف اولیه این روزنامه، انتشار مجدد آن هم زمان شد با توقیف روزنامه شرق و انتقال محمد قوچانی و تیم همراهش در تحریریه شرق به روزنامه هم میهن. البته دور جدید فعالیت روزنامه هم میهن به سردبیری قوچانی با انتشار ۴۷ امین شماره اش در تیرماه سال ۸۶ به پایان رسید و با رای نهایی دادگاه توقیف شد.
هفتهنامه شهروند امروز
و اما محمد قوچانی در سال ۸۵ و بعد از توقیف رسانههای قبلی و با همکاری تیم قبلیاش هفته نامه “شهروند امروز”منتشر کرد که این رسانه اصلاحطلب هم در آبان۸۷ توسط هیئت نظارت بر مطبوعات و به دلیل تکرار تخلفات و عدم توجه به تذکرات قبلی توقیف شد.
کوچ به ایراندخت
همزمان با انتشار شهروند امروز، قوچانی از شهروند امروز به هفته نامه ایراندخت کوچ کرد اما این رسانه هم توسط هیئت نظارت بر مطبوعات در تاریخ ۱۰ اسفند سال ۸۸ با استناد به تبصره ماده ۱۱ قانون مطبوعات و با توجه به فقدان شرایط مندرج در بند ۶ ماده ۹ قانون مطبوعات یعنی “پای بندی و التزام عملی به قانون اساسی”، لغو پروانه شد.
روزنامه اعتمادملی
قوچانی که هم زمان با مسئولیت سردبیری هفته نامه شهروند امروز، یکی از اعضای شورای سیاستگذاری روزنامه اعتماد ملی و از مشاوران مهدی کروبی محسوب میشد در ۲۳ بهمن ماه ۸۷به عنوان سردبیر روزنامه اعتماد ملی منصوب و فعالیت خود در این روزنامه آغاز کرد؛ عملکرد محمد قوچانی در فتنه ۸۸ در روزنامه اعتماد ملی موجب شد که او آخرین سردبیر این روزنامه باشد چرا که اعتماد ملی به دلیل پخش شایعه، اشاعه فحشا و افترا علیه نظام اسلامی در سال ۸۸ توقیف شد.
توقیف آسمان
روزنامه آسمان که اولین شماره آن در۲۶ بهمن ۹۲ منتشر شد تنها بعد از ۶ شماره به انتشار مطلبی به نقل از هرمیداس باوند حکم قرآنی و الهی قصاص را غیرانسانی خواند و به همین دلیل و بنا به اعتراضات گسترده جریانهای سیاسی من جمله بخشی از جریان اصلاحات، با حکم دادسرای عمومی و انقلاب تهران در روز پنجشنبه ۱ اسفند ۱۳۹۲ توقیف شد.
و مردم امروز
روزنامه اصلاحطلب مردم امروز با حضور محمد قوچانی در ۶ دی سال جاری منتشر شد و عصر امروز(شنبه۲۷ دی) با حکم دادستانی تهران به دلیل حمایت از روزنامه هتاک فرانسوی که کاریکاتوری موهن را علیه پیامبر اسلام(ص)منتشر کرده بود، توقیف شد.